As bases de nossa história remontam ao ano de 1998, quando as igrejas Presbiterianas de Pinheiros (IPP) e Vila Mariana (IPVM) decidiram plantar uma nova igreja entre os bairros do Pacaembu e Higienópolis. Em junho daquele ano, cristãos liderados pelo Rev. Marcelo Serra passaram a reunir-se em um sobrado alugado na Rua Tupi, nº. 814, lançando assim os primeiros alicerces de uma futura igreja.
Em março de 2004, as igrejas plantadoras convidaram o Rev. Arifranklin Oliveira de Sousa para liderar o projeto da nova igreja. No dia 13 junho de 2004, iniciaram suas atividades no auditório do Hotel Ville, na Rua Dona Veridiana, nº. 643, em Higienópolis, adotando o nome de Igreja Presbiteriana de Higienópolis (IPH).
Em dezembro do mesmo ano, a congregação já contava com 30 membros comungantes e aproximadamente 60 congregados. No início de 2005, através de acordo firmado entre as Igrejas de Pinheiros e Vila Mariana, a IPH passa a estar jurisdicionada à IPVM, que, a partir de então, assumia a condição de Igreja Mãe. Nesse mesmo mês, a Igreja de Higienópolis inaugurou sua Sede Administrativa, situada à Rua Major Sertório, nº. 691, 1º andar. Imóvel este, adquirido pela IPVM em parceria com o Plano Missionário Cooperativo (PMC), cuja finalidade inicial se destinava à realização de cultos (como o Espaço Higienópolis e Reuniões de Oração), bem como de um amplo escritório administrativo e de atendimento pastoral.
A congregação dispunha de uma Mesa Administrativa e de um Ministério Diaconal. Ao final de 2005, a IPH contava com quatro ministérios ativos e Escola Bíblica Dominical (com duas classes para jovens e adultos), e um departamento infantil com 15 crianças.
Na manhã do dia 25 de junho de 2006, a IPH foi organizada com 62 membros comungantes e 12 membros não comungantes. Foram eleitos 4 Diáconos para formação da Junta Diaconal, 4 Presbíteros para o Conselho e o Pastor, Rev. Arifranklin, como pastor efetivo da igreja.
Em março de 2010 a igreja se instalou em um novo endereço. Um casarão com amplas instalações na Rua Aureliano Coutinho, 196. Um grande sonho da igreja finalmente se concretizou: a realização de nossas celebrações e atividades ministeriais em um lugar térreo acessível ao público, com “portas abertas para a rua”.
Agora na Rua Jaguaribe, 567, a IPH vive uma fase de crescimento e amadurecimento, fortalecendo nosso testemunho na região, mantendo os olhos fixos na visão do Senhor para nossa igreja e avançando para a realização de nossa missão. Em 2017, a IPH viveu uma transição pastoral com a chegada do Reverendo Davi Helon de Andrade, que tem servido e abençoado a igreja desde então. São mais de 100 membros, entre crianças, adolescentes, jovens e adultos reunidos com o propósito de caminhar juntos e aprender mais de Jesus.
Soli Deo Gloria.